大菓葉柱狀玄武岩被發現的過程非常特殊，日治時期為了聯絡西嶼跟馬公間的海上交通，所以決定在大菓葉海邊闢建碼頭，設交通船往返西嶼和馬公之間，當時就在柱狀玄武岩所在的位置開挖石塊泥土去填海造港，才意外地讓這片沈睡千年的柱狀玄武岩露臉。