重新裝修的地質館以澎湖地質地貌及小門嶼獨特島嶼風情為佈展理念，將全館區分為澎湖地質區、小門地質區、小門模型區、地質觸摸區及地質影像區等５個主題區塊，富饒觀賞及教育功能。